Fundado por Ley del primer Congreso de la República el 28 de julio de 1823, el Museo Nacional de Colombia es el más antiguo de los museos del país y uno de los más antiguos de América. Durante casi dos siglos se ha consagrado a la conservación y divulgación de testimonios representativos de los valores culturales de la Nación.

Abrió sus puertas al público el 4 de julio de 1824, fecha en que el vicepresidente, general Francisco de Paula Santander lo declaró oficialmente creado. El Museo Nacional se instaló inicialmente en la Casa Botánica, la cual albergaba la colección de historia natural reunida por José Celestino Mutis y cuidaban sus discípulos; con el transcurso del tiempo a estas piezas se sumaron otras de carácter arqueológico, histórico y artístico.

Entre los años 1989 y 2001 se adelantó el Proyecto de Restauración Integral del Edificio, que culminó el primer semestre del 2001 y fue inaugurado oficialmente el  28 de julio con la apertura de la totalidad de las salas de exhibición del Museo.

Actualmente, las Unidades Administrativas Especiales, Museo Nacional de Colombia e Instituto Colombiano de Antropología e Historia (ICANH), dependientes ambas del Ministerio de Cultura, son las encargadas de la administración, conservación y difusión de las colecciones que integran el Museo.